两广的吏治，向来是一个问题：吏治不清，地方不安，人民起义，和少数民族的暴动，成为相应而来的事实。八寨在广西桂林、平乐两府，本来是僮人群居的场所。隆庆年间，殷正茂进兵古田的时候，八寨先降，于是并龙哈、咘咳为十寨，立长官司。万历六年，曾经有一次动乱，两广总督凌云翼随即进兵。云翼去职以后，尧诲继任，八寨又来一次动乱。居正和尧诲讨论过几次：
广右议征八寨，此或不容已者，已属本兵从其请矣。（书牍十一《答两广刘凝斋》）
八寨之征，在两镇似不容已，本兵已复从其请。（同卷《答两广刘凝斋论严取与》）
这都是万历七年的事。第二年八寨敉平，居正谈到两广的情况。
八寨兵已奏捷，谅此时竣事矣。武弁游民，私买贼级，乃广中沈锢之病，今得力祛此弊，则功赏皆实。但先年有旨，凡大举征剿，皆宪臣亲临纪功，今不知纪功是何司、道官。纪功得人，积弊乃可革也。黄总戎颇有志向，不安下流，但微负气。将官负气，正可驾驭而用之，固愈于颓靡、懦熟，剥削以事结纳者也。俟到任信至，如尊谕戒谕之。（书牍十二《答刘凝斋》）
八年二月，河工勘报完成，潘季驯升工部尚书兼副都御史；这是一个崇衔，其实用不到管事。明朝有添注官，在实缺官以外，临时添设，本来是一种酬劳的意义。但是季驯在河工已久，委实需要休息了，居正想起前任两广总督凌云翼，现任南京兵部尚书，只是一个闲曹，决定派云翼总督漕运，以为代潘的地步，同时再调潘代凌，成为潘、凌对调。他分别和两人说起：
两承翰教，领悉。比者平成奏绩，公之肤功，固不待言，然亦借督、漕同心之助，况河、漕归并，已有成命，则今之代江（漕运侍郎江一麟）者，亦即以代公，不可不慎也。反复思之，莫如洋山（云翼）公为宜。此公虚豁洞达，昔在广中，仆妄有指授，渠一一取其意而行之，动有成功，则今日必能因袭旧画，以终公之功，一善也。官尊权重，足以镇压，二善也。留京参赞（南京兵部尚书兼参赞南京军务）重任也，朝廷加意河、漕，特遣重臣以行，则在事诸臣，谁不奋厉？三善也。南中道近，闻命即行，不烦候代，则漕事不致妨废，且得数月与公周旋，同心计处，何事不办，四善也。公即旦夕回京，亦不过添注管事，骈枝闰位，何所用之？不如即代洋山，是身不离南中，可以镇异议，属人心，此中八座虚席，一转移间，又无妨于他日之柄用，于公亦有利，五善也。有此五善，虑之已熟，故违部议而请上行之。恐公不达鄙意，敢布腹心。（书牍十二《答河道潘印川》）
向承教，粤中经理，不辞再劳，具见公忘身徇国，不胜敬仰。后思彼中事体，近已略定，好议喜事者知鄙意有在，亦自敛戢，而不敢复兴事端，今若无故易置，反觉多事；且瘴病之乡，亦不忍再烦也。河、漕虚席，因忆公鸿猷伟略，优游留省，无以骋才，而河、漕重任，比之东粤，尤为紧要，先朝尝特遣重臣经理；且二三年间，仆力主印川公治河之策，幸有成功，今仍须素有威望者继之，庶可以行仆之意而终潘之功。博求中外，无如公者，故暂借经理。他日此中八座或虚，一转移间，其事又甚易也。恐公不达所以借重之意，而有外于左右，故略布区区，万望鉴谅。（同卷《答南兵兼河道凌洋山》）
居正在政治方面的成绩，逐日进展，但是对于居正不满的呼声，仍然不断。八年三月，南京兵部主事赵世卿奏匡时五要，请广取士之额，宽驿传之禁，省大辟，缓催科；最后提出言路当开。他说：
近者台谏习为脂韦以希世取宠，事关军国，卷舌无声，徒摭不急之务，姑塞言责，延及数年，居然高踞卿、贰，夸耀士林矣。然此诸人岂尽奊诟无节，忍负陛下哉？亦有所惩而不敢尔！如往岁傅应祯、艾穆、沈思孝、邹元标，皆以建言远窜，至今与戍卒伍，此中才之士所以内自顾恤。宁自同于寒蝉也。宜特发德音，放还诸人，使天下晓然知圣天子无恶直言之意，则士皆慕意输诚，效忠于陛下矣。
世卿此疏直指居正，当然引起居正底激怒。因此吏部尚书王国光改世卿为楚府右长史。明代王府官不易升调，一入王府，实际成为禁锢，世卿这一次调任，其实是一个严重的处分。
八年八月间，刑部侍郎刘一儒致书居正，讨论时政。一儒，夷陵人，是居正底亲家，居正底女儿嫁给一儒之子戡之。在新妇进门的时候，一儒看到妆奁中的珠玉锦段，盈箱满筐，连忙吩咐另行封锁，一概不许动。一儒当然有他底计算，儿妇谈不到反对。居正在政治上的地位，正在不断亢进，一儒和他说：
窃闻论治功者贵精明，论治体者尚浑厚。自明公辅政，立省成之典，复久任之规，申考宪之条，严迟限之罚，大小臣工，鳃鳃奉职，治功既精明矣。愚所过虑者，政严则苛，法密则扰，今综核既详，弊端剔尽，而督责复急，人情不堪，非所以培元气而养敦浑之体也。昔皋陶以宽简赞帝舜，姬公以惇大告成王，沦洽当代，矩矱后世，愿明公法之。（《明史纪事本末》卷六十一）
假如居正接受一儒底忠告，定然可以收回大部分的人心，但是居正接受这个忠告，便不是居正了。万历初年的政局，终于留下精明有余，浑厚不足的印象。
朝廷大政，一切有居正负责，十八岁的神宗，闲得没有事做，四书五经无须再读了，他便慢慢地寻求消遣的方法。皇上所住的是乾清宫，宫里的内监大、小不等，管事的称为牌子太监。乾清宫牌子太监孙海、客用，既然负责伺候皇上，他们便逐渐引导神宗寻求娱乐。有时皇上带同太监们，短衣窄袖，一同出宫，值游竟日。怕什么？手上带的是刀杖，根本不怕什么意外。一次神宗到西城，正在喝过酒以后，醉眼蒙胧地吩咐小内监唱曲子。也许是小内监撒娇吧，偏不肯唱。这是欺君之罪，还了得！皇上有的是刀子，哗喇一声，刀子出鞘，吓得小内监直抖，旁边的人求情，经过使劲鞭挞以后，这才平了神宗之怒，但是到底还把小内监底头发割下，实行割发代首的故事。真有趣，整个的人生都戏剧化了。神宗仍在兵杖簇拥的中间，带醉回到乾清宫。
神宗酒醒以后，冯保久已奏明慈圣太后了。慈宁宫的太监正在催促神宗前去。没奈何，去罢！慈圣太后看见神宗，喝声跪下。神宗长跪在那里，听圣母底训导。慈圣太后把神宗底过失，一五一十地数说一番。神宗无从辩护，眼泪簌簌地落下，最后他只有请求慈圣太后给他一个改过的机会。慈圣这才吩咐神宗检出一本书来。重行长跪以后，皇帝打开书本一看，正是《汉书》卷六十八《霍光传》，他读到“光即与群臣俱见，白太后，具陈昌邑王不可以承宗庙状”，眼泪从眼眶里直流，想不到一晚的狂欢，得到这样严重的后果。（令取《霍光传》入览事，见《明史纪事本末》卷六十一。）
现在的霍光是张居正。但是居正恳请慈圣太后准予神宗改过，他提出这只是一时的糊涂，究竟和昌邑王不同。慈圣太后意转以后，才吩咐居正代神宗下罪己手诏，一份给太监们，一份给内阁。罪己的语句，着实委屈神宗，但是不是这样，挽回不了圣母底盛怒。居正竟写下了。（令居正草帝罪己手诏事，见《明纪》卷四十。《明史·冯保传》作保属居正草帝罪己手诏。）
孙海、客用凡事引诱，无所不为，著降作小火者，发去孝陵种菜。尔等司礼监，并管事牌子，既受朝廷爵禄，我一时昏迷，以致有错，尔等就该力谏乃可。尔等图我一时欢喜不言，我今奉圣母教诲我，我今改过，奸邪已去。今后但有奸邪的小人，尔等司礼监并管事牌子，一同举名来奏，该衙门知道。（见奏疏九《请处治邪佞内臣疏》）
昨朕有御笔帖子，先生看来未曾？孙海、客用，朕越思越恼，朕今又降做小火者，发去南京孝陵种菜。先生等既为辅臣，辅弼朕躬，宗庙社稷，所系非轻，焉忍坐视不言？先生等既知此事，就该谏朕，教朕为尧舜之君，先生等也为尧舜之臣。朕今奉圣母圣谕教诲，朕悔过，迸去奸邪，先生等各要尽心辅朕。（见同卷《请汰近习疏》）
居正和冯保商议以后，觉得孙海、客用处分嫌轻，立即上疏再求加重，充做净军，神宗当然照准。其次冯保提出司礼监太监孙德秀、温泰，兵仗局掌印周海，都有应得之罪，其他内监一概责令自陈，切实整顿。这次居正上疏，在神宗和居正的关系上，留下重大的影响：
臣等恭诵纶音，不胜钦仰，不胜惶愧。仰惟皇上天挺圣资，幼而聪颖，自临御以来，讲学勤政，圣德日新，臣等每自庆幸，以为亲逢尧舜之主，庶几复见唐虞之治矣。乃数月之间，仰窥圣意所向，稍不如前，微闻宫中起居，颇失常度，臣等心切忧惶，但身隔外廷，不知内事，即有所闻，未敢轻信，而朝廷庶政，未见有阙，故不敢妄有所言。然前者恭侍日讲，亦曾举孔子益者三乐，损者三乐，并益者三友，损者三友两章书，请皇上加意省览，盖亦阴寓讽谏之意。又数日前，曾问文书官云：“臣闻皇上夜间游行，左右近习皆持短棍兵器，此何为者？”乃文书官回说：“并无此事。”臣等亦遂以所闻为妄，不敢复言。连日因睹御笔帖子，处治孙海、客用两人，因而询访，始知此两人者，每日引诱皇上燕闲，游宴别宫，释去法服，身著窄袖小衣，长街走马，挟持刀仗，又数进奇巧戏玩之物，蛊惑上心，希图宠幸。