到了这个地步，李鸿章才开始考虑北上的行期。
而在事先，李鸿章单独电奏，请惩办祸首以外，又会同刘坤一、张之洞合奏，说俄国表示善意，应该致谢。同时建议责成直隶总督剿匪；派奕劻、荣禄进京会议；下罪己诏；最后转述日军方面希望，请两宫回京。
罪己诏是早就下过了，是王文韶的手笔，皇帝自责并责臣下之外，并无一语归咎于慈禧太后及亲贵。自行剿匪一节，亦可照办，已责成护理直隶总督的藩司廷雍，认真办理。此外各节，“亦当照请施行，惟事有次第，不得不略分先后”。这是暗示，惩凶一节的时机尚未成熟。李鸿章当然亦能谅解，两宫还在道路流离之中，何能办此大事？起码亦要到了太原，让“行在”有了朝廷的样子，才谈得到追究责任，整饬纪纲。如今有此表示，便见诚意，所以李鸿章决定过了中秋，由海道北上。
八月二十一动身，二十六到天津，沿途安全，都由俄国军队负责，而就在这半个月中，东三省的俄军又攻陷了吉林省城与奉天的牛庄。黑龙江将军，早在八月初俄军攻入齐齐哈尔时，便已自杀。这些情形，刚到太原的两宫，毫无所闻，李鸿章虽然知道，却紧闭着嘴，不敢作声。
在京城里，地方秩序自然是一天比一天有起色，可是各国公使与联军对中国政府的态度，却反而越来越强硬，并且众口一词，说慈禧太后与皇帝应该早早回銮，对和议有益。
“这是什么意思？”慈禧太后问王文韶：“各国军队都还占着京城，怎么能回銮？”
王文韶不知道慈禧太后是真的不了解各国的用意，还是装糊涂？反正他觉得这是万不能说破的一件事。两宫回京，各国便可以请求觐见皇帝为名，迫使慈禧太后归政，这在德国外交部对吕海寰的谈话中，表现得最为露骨。德国外交部表示，议和固以惩凶为前提，还要看两宫的大权已否旁落。如已旁落，则所派的议和代表，德国不能承认。这看起来象是怀疑两宫已为载漪等人所挟持，身不由主，而实际上是指皇帝的大权，落在慈禧太后手中。
因此，尽管庆王、李鸿章、各省督抚，甚至昆冈等留京办事大臣，纷纷吁请回銮，而行在不是避而不谈，便是以京师“城门街道，此时仍由洋兵看管”为理由，认为“遽请回銮，于事体未为妥协”。
见此光景，李鸿章知道回銮一事，不必再谈，可是惩处祸首，却必须做到。所以在天津发了一道电奏：“请致谢俄国，优恤德使，惩处祸首，冀早开议停战。”
于是闰八月初二，太原发了三道上谕，两道明发，一道是：“德国驻京使臣克林德前被兵戕害，业经降旨，深为惋惜。因思该臣驻华以来，办理一切交涉事宜，和平妥协，朕追念之余，倍更轸悼。着赐祭一坛，派大学士昆冈，即日前往奠醊.灵柩回国时，并着南北洋大臣，妥为照料。抵本国时，着再赐祭一坛，派户部右侍郎吕海寰前往奠醊.用示朕笃念邦交，惋惜不忘之至意。”
另一道便是中外瞩目的“惩处祸首”。说中外开衅，变出非常，实非朝廷本意。致祸之由，“皆因诸王大臣等，纵庇拳匪，启衅友邦，以致贻忧宗社，乘舆播迁。朕固不能不引咎自责，而诸王大臣亦亟应分别重轻，加以惩处。”
被处的一共九个人。领头的是庄亲王载勋，其次是怡亲王溥静、贝勒载滢、载濂，这四个作一起，“均着革去爵职。”
下来是端郡王载漪，特加“从宽”字样，处分一共三项：撤去一切差使、交宗人府严加议处、停俸。
再轻一等的是辅国公载澜、都察院左都御史英年：“均着交该衙门严加议处。”最后是刚毅与赵舒翘，交吏部议处。
另外一道廷寄，专为答复李鸿章：“所奏各节，本日均已照办，分别降旨。该大学士接奉此旨，着即日进京开议，勿再迟延。”可是李鸿章仍然逗留在天津，主要的是联军统帅瓦德西，即将抵达，李鸿章在德国跟他见过，虽无深交，总有见面之情，所以在天津等候着，想先尽一尽地主之谊。
其次，李鸿章决定在天津接直隶总督的任，先将兵权抓在手里再说。
瓦德西是闰八月初四到天津的。这位六十八岁的老将，是个尚未结婚的老光棍，当过德国的总参谋长，具备做首相的资格，而且跟李鸿章一样，也是伯爵。地位相等，且为八国联军的统帅，当然决不可能先去拜访李鸿章，而李鸿章为了维持个人的威望，亦不便自己登门求教。因此，只是侧面设法，托人暗示瓦德西，邀李鸿章一晤。谁知瓦德西个性严峻，而且东来之前，曾奉有德皇的命令，须以严厉态度对待中国政府，因而置之不理。
看看事已无望，李鸿章只好打点进京。闰八月十八到了京里，以贤良寺为公馆，跟庆王见过面，随即传见总税务司赫德，由他陪着，遍访各国公使。回到行辕，随即发了一个电报，请将招致大乱的诸王大臣，从严治罪，不可随往行在。电奏中明白指出，这是各国公使一致的意见，倘不见听，不独和议难开，联军亦有西犯的可能。
其时两宫行驾，已过山西闻喜，将抵临晋。随扈的军机大臣中，刚毅自知是罪魁祸首，忧悔交加，复以旅途劳顿，已染病在身。前几天接到京里的电报，说各国公使对原在保定，奉派参与和议的荣禄，因为围攻使馆的武卫军就是他的部下，所以表示“不予接待保护”，等于拒绝他进京。待荣禄尚且如此，对祸首之恨之切骨，可想而知，以致病情添了几分。
如今李鸿章的电报，成了刚毅的催命符，在闻喜病势陡然加重。王文韶奏明慈禧太后，准他折回太原养病，但到得曲沃的候鸟镇，已经不能再上路了，延到闰八月二十五，一命呜呼。
就在这一天，两宫渡过风陵渡，进了潼关。慈禧太后将庄王载勋留在河东蒲州，端王载漪留在潼关，不准随往西安。同时电知奕劻及李鸿章，对肇祸王大臣应如何加重处分，不妨密拟具奏，以凭定夺。
也就是在这一天，保定为法英德意联军所占领，设立联军公所，组织军法处，逮捕了藩司廷雍、臬司沈家本、城守尉奎恒、参将王占魁，还有一个为张德成办过粮台的候补道谭文焕，审问七月初一，英美教士十五人在保定被屠杀一案。
不但保定失守，官员被捕，而且联军有进窥山西的模样。已经到达西安的慈禧太后，知道重惩祸首一事，如果不能有比较明快的处置，麻烦将会层出不穷。果然，九月十八日得报，廷雍、奎恒、王占魁，已由瓦德西批准枪决，谭文焕移解天津，枭首示众六天，沈家本则犹被拘禁在本衙门派兵看守。这已觉胆战心惊，第二天李鸿章来了一个电报，就更可怕了。
原来在义和团最猖獗时，以前好些客死中土的有名教士，如利玛窦、南怀仁、汤若望的坟墓，都被盗毁，瓦德西为了报复，更为了威胁，特为派兵到易州，将有不利于西陵的举动。
世宗泰陵、仁宗昌陵、宣宗慕陵在易州的永宁山，总名西陵。这样处置的作用，是在向西安行在，提出严重警告，如果慈禧太后还想庇护懿亲，雍正、嘉庆、道光三帝，就可能有身后的惨祸。
慈禧太后再有担当，也承受不起这个“不自殒灭，祸延祖宗”的罪名。而且，洋人既能扰易州的西陵，就能扰遵化昌瑞山的东陵，那一来就更严重了！世祖孝陵、圣祖景陵、高宗裕陵、文宗定陵、穆宗惠陵之外，自己的已花了上千万银子修建的万年吉壤，亦在定陵之东的普陀峪，若为洋人侵扰，坏了风水，是件死不瞑目的事。
因此，慈禧太后一面急电奕劻、李鸿章，向“德国在京使臣，切实诘问”，一面不能不考虑加重祸首的处分。及至李鸿章的“洋兵趋向进止，均由德瓦帅调遣，瓦德西擅居仪銮殿，坚不接晤，无从共商”的复奏一到，随即便有一道“肇祸诸臣，前经降旨，分别惩处。
现在京畿一带，拳匪尚未净尽，以致地方糜烂，生民涂炭，思之实堪痛恨，若不严加惩治，无以服天下之心，而释友邦之憾“的上谕发布。
这第二次惩处祸首，首当其冲的是载漪，与载勋同科，革爵，暂交宗人府圈禁，俟军务平定后，再行发往盛京，永远圈禁。怡亲王溥静及老恭王的次子贝勒载滢，亦交宗人府圈禁，载漪的胞兄载濂，着令“闭门思过”，是软禁在家。
相形之下，载澜就便宜得多了，处分是“停公俸，降一级调用”。这因为他在八月初被派为御前大臣，军机既不能不卖个情面，慈禧太后亦觉得他还有可供驱遣之处，特意加恩。
至于亲贵之外，英年的处分最轻，降二级调用；毓贤的处分最重，“发往极边，充当苦差，永不释回”，因为他“在山西巡抚任内纵容拳匪，戕害教士教民，任性妄为”之故。本来，刚毅的罪名最重，但以病故，免其置议，赵舒翘倒是颇得慈禧太后谅解的，落得一个“革职留任”的处分，仍旧当他的军机大臣。
上谕最后，还有一段声明，慈禧太后借皇帝的口说：“此事始末，惟朕深知，即如怡亲王溥静，贝勒载濂、载滢，中外诸臣迭次参奏，均未指出，即出使各国大臣电奏，亦从未提及，朕仍据实一体惩办，可见朕于诸臣处分轻重，一秉大公，毫无偏袒，当亦海内外所共谅也。”
这话是说给洋人听的，特别是希望瓦德西能听得进去。但是，慈禧太后是失望了！
※※※李鸿章终于跟瓦德西见了面。他在电奏中所说的“坚不接晤”，并非事实，事实是李鸿章希望跟瓦德西在宫外见面，而瓦德西则坚持在仪銮殿相会不可。